Az ELTE eScience Regionális Tudásközpontban megjelent publikációk

 

C cikk D dokumentáció
E (konferencia)előadás K könyv(részlet)
P poszter Sz szabadalom
T tanulmány W web-közlés

2006

K2.1.1 Szathmáry, E., Szatmáry, Z., Ittzés, P., Orbán , G., Zachár, I., Huszár, F., Fedor, A., Varga, M., Számadó, S., In silico evolutionary developmental neurobiology and the origin of natural language. in: (Lyon, C., Nehaniv, C. L. & Cangelosi, A., eds, 2006) Emergence of Communication and Language. Springer, Artington. In press.

Sz2.1.1 Evolutionary neural network, methods for generating and evolving neural networks, method for controlling external systems by using such neural networks and computer program product. 2006. 09. 11. , US patent office, provisional application.

E2.2.1 Simon Zoltán: Új megközelítés a gyógyszertervezésben: a molekuláris interakciós ujjlenyomat, Pécs, Magyar Biokémiai Egyesület Vándorgyűlése 2006.08.30-2006.09.02.

P2.2.1 Simon Zoltán: Enzyme kinetics above denaturation temperature, Heidelberg, 2006.09.17-24.

E2.2.2 Málnási-Csizmadia András:Enzyme kinetics above denaturation temperature, Washington DC, Howard Hughes Medical Institute Meeting, invited speaker  2006.10.24-29.

E2.2.3 Málnási-Csizmadia András, Internal viscosity of proteins, Dubrovnik, Solid State Pysics, Physics meets biology. invited speaker, 2006.07.01-06.

E2.2.4 Málnási-Csizmadia András, Enzyme kinetics above denaturation temperature, Salt Lake City, Biophysical Meeting, 2006.02.21-26.

E2.2.5 Málnási-Csizmadia András, Friction, Internal viscosity, Force, Physics of molecular machines, joining theory and experiments Les Houches, France, invited speaker, 2006.04.10-15.

C2.2.1 Toth J, Gombos L, Simon Z, Medveczky P, Szilagyi L, Graf L, Malnasi-Csizmadia A., Thermodynamic analysis reveals structural rearrangement during the acylation step in human trypsin 4 on 4-methylumbelliferyl 4-guanidinobenzoate substrate analogue, J Biol Chem. 2006 May 5.

C2.2.2 Kintses B, Simon Z, Gyimesi M, Toth J, Jelinek B, Niedetzky C, Kovacs M, Malnasi-Csizmadia A., Enzyme kinetics above denaturation temperature: a temperature-jump/stopped-flow apparatus, Biophysical Journal, 2006 Sep 29.

C2.2.3 Kintses B, Gyimesi M, Pearson DS, Geeves MA, Wei Zeng W, Bagshaw CR, Malnasi-Csizmadia A., Switch 1 loop movement of myosin determines actin interaction: common implications for P-loop NTPases, EMBO 2007 Jan 10.

C2.2.4 Toth J, Simon Z, Medveczky P, Gombos L, Jelinek B, Szilagyi L, Graf L, Malnasi-Csizmadia A., Site directed mutagenesis at position 193 of human trypsin 4 alters the rate of conformational change during activation: role of local internal friction in protein dynamics, Proteins, 2007 Jun 1.

W2.3.1 http://mispred.enzim.hu

E2.3.1 Patthy László: Analyses of the Encode sequences with the MisPred tools, BioSapiens-Encode Workshop, Barcelona, 2006. március 29.

E2.3.2 Patthy László: Genom annotáció, A Magyar Bioinformatikai Társaság alakuló ülése, Budapest, 2006. június 12.

E2.3.3 Farkas Krisztina: MisPred – an open access database for mispredicted and abnormal proteins, 5. Európai Bioinformatikai Iskola, Budapest, 2006. szeptember 6.

E2.3.4 Patthy László: Gene prediction and misprediction, Immungenomikai és Im­mu­no­mikai Világkongresszus, Budapest, 2006. október 12.

C2.3.1 Tress ML, Martelli PL, Frankish A, Reeves GA, Wesselink JJ, Yeats C, Olason PI, Albrecht M, Hegyi H, Giorgetti A, Raimondo D, Lagarde J, Laskowski RA, Lopez G, Sadowski MI, Watson JD, Fariselli P, Rossi I, Nagy A, Kai W, Storling Z, Orsini M, Assenov Y, Blankenburg H, Huthmacher C, Ramirez F, Schlicker A, Denoued F, Jones P, Kerrien S, Orchard S, Antonarakis SE, Reymond A, Birney E, Brunak S, Casadio R, Guigo R, Harrow J, Hermjakob H, Jones DT, Lengauer T, Orengo CA, Patthy L, Thornton JM, Tramontano A and Valencia A (2007), Implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement, Proc Natl Acad Sci USA , 104:5495-5500. Epub 2007 Mar 19.

P2.4.1 É. Jakó, P. Ittzés, G. Pál, Á. Kun, Zs. Szekeres and E. Szathmáry, In Silico Detection of Sequence Features in tRNA Genes Characteristic to their Synthetase Class Membership, Evolution of Biomolecular Structure, A Symposium on current topics at the interface of molecular and computational biology and bioinformatics, Vienna, 25-27 May 2006.

P2.4.2 E. Ari, P. Ittzés, É. Jakó, Testing a New Discrete Mathematical Method for Reconstructing the Great Apes Phylogeny Based on Mitochondrial tRNAs, Evolution of Biomolecular Structure, A Symposium on current topics at the interface of molecular and computational biology and bioinformatics, Vienna, 25-27 May 2006.

P2.4.3 Á. Kun, M. Santos  and E. Szathmáry, Real ribozymes suggest a relaxed error threshold, Evolution of Biomolecular Structure, A Symposium on current topics at the interface of molecular and computational biology and bioinformatics, Vienna, 25-27 May 2006.

E2.4.1 É. Jakó, Representation and functional characterization of tRNAs  using generalized molecular codes and ICF structural invariants, Université Louis Pasteur de Strasbourg,  Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire du Centre National de la Recherche Scientifique, 15 rue René Descartes, F-67084 Strasbourg Cedex, France,  2006 Szeptember 21

E2.4.2 E. Ari, Reconstructing the Phylogenetic Tree of Great Apes by Using a New Discrete Mathematical Method, Université Louis Pasteur de Strasbourg,  Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire du Centre National de la Recherche Scientifique, 15 rue René Descartes, F-67084 Strasbourg Cedex, France,  2006 Szeptember 21

E2.4.3 E. Ari, Reconstructing the Phylogenetic Tree of Great Apes by Using a New Discrete Mathematical Method, Egyesült Királyság, St Andrews, University of St Andrews, 12th Annual European Meeting of PhD students in Evolutionary Biology, 2006 Szeptember 4-9.

C2.4.1 É. Jakó, P. Ittzés, G. Pál, Á. Szenes, Á. Kun, and E. Szathmáry, In Silico Detection of Sequence Features in tRNA Genes Characteristic to Their Synthetase Class Membership,  2006 October (submitted)

W2.5.1 http://phylogeny-cafe.elte.hu.

C2.5.1 Meyer, I.M. & Miklós, I. Statistical evidence for conserved, local secondary structure in the coding regions of eukaryotic mRNAs and pre-mRNAs, 2005 november. Nucleic Acids Research, 33(19)6338-6348, http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/33/19/6338.

C2.5.2 Miklós, I., Paige, T.B., Ligeti, P. Efficient Sampling of transpositions and inverted transpositions for Bayesian MCMC, 2006 szept. Proceedings of WABI2006, Lecture Notes in Bioinformatics, http://ramet.elte.hu/~miklosi/wabi2006miklos.pdf.

C2.5.3 Csürös, M. & Miklós, I. A probabilistic model for gene content evolution with duplication, loss, and horizontal transfer, 2006 április. Proceedings of RECOMB2006, LNBI 3909:206-220, http://www.iro.umontreal.ca/~csuros

E2.5.1 Miklós, I., Paige, T.B., Ligeti, P. (2006)  Efficient Sampling of transpositions and inverted transpositions for Bayesian MCMC, 6th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, September 11/13, 2006. Zürich, Switzerland, http://ramet.elte.hu/~miklosi/MiklosPaigeLigeti.pdf

E2.5.2 Csürös, M. Miklós, I. (2006) A Probabilistic Model for Gene Content Evolution with Duplication, Loss, and Horizontal Transfer, RECOMB 2006, April 2-5, 2006. Venice Convention at The Cinema Palace, Venice Lido – Italy, http://ramet.elte.hu/~miklosi/gainlossduplication.pdf

E2.5.3  Miklós, I. A Phylogeny Cafe project, A Magyar Bioinformatikai Társaság alakuló tudományos ülése, 2006 június 12-13.

P2.5.1 Miklós, I. Münz, M. Finding biclusters in microarray data with Bayesian Markov chain Monte Carlo, BCII2006, 2006 oct. 8-12. Budapest, Hungary

P2.5.2 Paige, T.B.,Miklós, I. Efficient Sampling of transpositions and inverted transpositions for Bayesian MCMC, RECOMB 2006, April 2-5, 2006. Venice Convention at The Cinema Palace, Venice Lido – Italy

P2.5.3 Novák, Á., Miklós, I. Structure Projector: protein structure prediction from Bayesian distribution of multiple alignments, RECOMB 2006, April 2-5, 2006. Venice Convention at The Cinema Palace, Venice Lido – Italy

P2.5.4  Lunter, G.A., Miklós, I., Csürös, M. (2006) ReticularAlignment: a new heuristic for multiple sequence alignment using transducers and suboptimal alignments, RECOMB 2006, April 2-5, 2006. Venice Convention at The Cinema Palace, Venice Lido – Italy.

T3.1.1 Kisterületi Munkaügyi Statisztikai Becslőrendszer – Világbanki projekt zárótanulmánya

T3.1.2 X-11 ARIMA szezonális kiigazítás – Világbanki projekt zárótanulmánya

T3.1.3 A szezonális kiigazítás módszerei - Összehasonlító elemzés

T3.1.4 Kisterületi becslési módszerek - Az EURAREA projekt eredményei

T3.1.5 Kisterületi munkaügyi adatok az Európai Unióban

D3.1.1 Kisterületi Munkaügyi Statisztikai Rendszer fejlesztői dokumentációja

D3.1.2 A szezonális kiigazítás felhasználói dokumentációja

D3.1.3 A Kisterületi Munkaügyi Statisztikai Rendszer adatbázisa – fejlesztői dokumentáció

D3.1.4 A Munkaügyi Feldolgozó Rendszer felépítése - fejlesztői dokumentáció

D3.1.5 A Munkaügyi Feldolgozó Rendszer adatbázis-terve - fejlesztői dokumentáció

K3.2.1 Kovács Attila, Kornafeld Ádám, Burcsi Péter, Szuperszámítógépes teljesítmény szuperszámítógép nélkül – a BinSYS projekt, Networkshop 2006, Miskolc, 2006. április 20, 8 oldal, http://nws.iif.hu/ncd2006

P3.2.1 Kovács Attila, Bokor Attila, Burcsi Péter, Kátai-Pál Gábor, Nagy Péter, Tátrai Antal, Complexity of the AXD301 Software, High Speed Network Workshop, Balatonkenese, 2006. május 23.

K3.3.1 B. Rácz, Cs. I. Sidló, A. Lukács, A. A. Benczúr, Two-Phase Data Warehouse Optimized for Data Mining, 1st Int. Workshop on Business Intelligence for Real Time Enterprise (BIRTE), in conj. with VLDB 2006.

C3.3.1 Z. Dezső, E. Almaas, A. Lukács, B. Rácz, I. Szakadát, A. L. Barabási, Dynamics of information access on the web, Physical Review E, 73 (6), 2006.

E3.3.1 A. Benczúr, K. Csalogány, M. Kurucz, A. Lukács, L. Lukács, Sociodemographic Exploration of Telecom Communities, US - Hungarian Workshop on Large- Scale Random Graph Methods for Modeling Mesoscopic Behavior in Biological and Physical Systems, August 28 - September 4, 2006, Alfred Renyi Institute of Mathematics, Budapest, Hungary.

K3.4.1 Marossy Zita, Tavaszi szél 2006 konferencia. Doktoranduszok Országos Szövetsége. Kaposvár, 2006. május 4-7.

K3.4.2 G. Papp, Sz. Pafka, M.A. Nowak, I. Kondor: Filtering problem in Portolio Optimization, ENRAGE EU workshop in Edinborough, 2006. árpilis 5.

K3.4.3 G. Papp, A. Jarosz, M.A. Nowak, E. Gudowska-Nowak, Two-state systems with Levy noise.

P3.4.1 Marossy Zita [2006]: Többváltozós GARCH VaR-modellek utótesztelése magyar adatokon. Tavaszi Szél 2006 konferencia-kiadvány. Kiadta a Doktoranduszok Országos Szövetsége. Pp. 469-472.

P3.4.2 Z. Burda, J. Jurkiewicz, M.A. Nowak, G. Papp, I. Zahed, Random Levy Matrices Revisited, cond-mat/0602087.

P3.4.3 Z. Burda, A. Jarosz, J. Jurkiewicz, M.A. Nowak, G. Papp, I. Zahed, Applying Free Random Variables to Random Matrix Analysis of Financial Data, physics/ 0603024.

C4.1.1 L.A.Vu, A. Kiss: Efficient Processing SAPE Queries Using the Dynamic Labelling Structural Indexes, LNCS, Volume 4152/2006, 232 -247.

C4.1.2 J. Demetrovics, A. Molnár, B. Thalheim: Relationship Design Using Spreadsheet Reasoning for Sets of Functional   Dependencies, LNCS, Volume 4152/2006, 108-123.

E4.1.1 L.A.Vu: Efficient Processing SAPE Queries Using the Dynamic Labelling Structural Indexes, ADBIS 2006, Thessaloniki, Greece.

E4.1.2 A. Molnár: Relationship Design Using Spreadsheet Reasoning for Sets of Functional Dependencies, ADBIS 2006, Thessaloniki, Greece.

T4.1.1 A. Benczúr, A. Molnár: An Extended Partition Model for Generalized Multidimensional Data, http://dbsrv14.inf.elte.hu/Publication/Document Library/BMpartition_oldDraft.pdf.

T.4.1.2 Kiss A., Kukla T.. Le A. Vu.,  Molnár A., Seres Cs.: E-Science – Informatika a tudo-mány szolgálatában, http://dbsrv14.inf.elte.hu/eScience%20tanulmány%20vázlata/Document%20Library/eScience_tanulmany.doc.

T4.1.3 Kiss A., Le A. Vu.,  Molnár A., Seres Cs.: Bevezetés az EGEE grid használatába, http://dbsrv14.inf.elte.hu/Saját GRID program futtatása/Document%20Library/grid_intro_howto_20061002.doc.

T4.1.4 Seres Csaba: AutoDock project beszámoló, http://dbsrv14.inf.elte.hu/C17/AutoDock futtatás/Document Library/AutoDock project beszámoló.doc.

2007

C2.2.5 Málnási-Csizmadia A., Tóth J., Pearson DS., Hetényi C., Nyitrai L., Geeves MA, Bagshaw CR, Kovács M., Selective Perturbation of the Myosin Recovery Stroke by Point Mutations at the Base of the Lever Arm Affects ATP Hydrolysis and Phosphate Release. J Biol Chem. 2007 Jun 15.

C2.5.4 Meyer, I.M., Miklós, I.: SimulFold: Simultaneously Inferring RNA Structures Including Pseudoknots, Alignments, and Trees Using a Bayesian MCMC Framework, PLoS Computational Biology, 3(8):e149, 2007, http://ramet.elte.hu/~miklosi/plcb-03-08-07_Meyer.pdf.
 
K2.5.3 Miklós, I.: Algorithms of Bioinformatics, chapter in Algorithms of Informatics (ed.: Antal Iványi), 2007, in press, http://ramet.elte.hu/~miklosi/Bioinf-23May2007.pdf.

C2.5.5 Miklós, I.: Statistical multiple alignment, chapter in Encyclopedia of Algorithms, Springer Verlag, 2007, http://ramet.elte.hu/~miklosi/statisticalalignmentEA.pdf.

E2.5.4 Miklós, I.: Computational challanges in multiple genome rearrangement MCMC, 5th Bertinoro Computational Biology workshop, 12-17 May, 2007, Bertinoro, Italy,  http://ramet.elte.hu/~miklosi/ComputationalChallengesOfMCMC.pdf